Ông bắt đầu trị vì từ ngày 9/4/806, ngay sau khi cha băng hà. Thời Heizei được đánh dấu bằng cuộc cải tổ quân đội hoàng gia: ông chia thành hai bộ phận là cấm vệ quân (bảo vệ vua và hoàng gia) và quân bảo vệ kinh đô[9] (hay kinh thành, gọi khác là "quyền cấm quân"). Chỉ huy hai đội quân hoàng gia này chính là Chinh di đại tướng quân (Shogun) có tên Sakanoue no Tamuramaro, người từng được cha mình cử làm đại tướng đi đánh quân man di tại Emishi[10].

Tháng 1/809, Heizei bị ốm nặng. Ông tuyên bố thoái vị, nhường ngôi cho em trai là hoàng tử Kamino - ông này lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Saga.[11]